大門開啟，黃金的刻印切裂星球。
　　21世紀初，被哥斯拉奪走了地球的人類，將一部分人類送往其他恆星系移居，但這一計劃以失敗告終。失意地回到地球的人類，面對的是兩萬年後鉅變的地球。
　　一切動植物都擁有哥斯拉細胞，化作“怪獸行星”的地球。君臨於此的，是身高超過300m的史上最大哥斯拉“哥斯拉·地球”。
　　燃起討伐哥斯拉執念的主人公晴男，與人類的子孫種族弗圖亞相遇。晴男等人在弗圖亞雙子姐妹瑪伊娜和米亞娜的引導下，發現仍在持續增殖的對哥斯拉決戰兵器·機械哥斯拉的殘骸。他們使用構成殘骸的奈米金屬，令武裝要塞都市“機械哥斯拉都市”啟動，向“哥斯拉·地球”發起挑戰。
　　在這一作戰的過程中，之前曾經一同共存的異星人種族之一比爾沙爾德與人類之間的裂痕逐漸表面化。與比爾沙爾德首領·加爾格的“若要打倒哥斯拉，就要成為超越‘人’的存在”這一信念相對，晴男無法放棄“不可為了打倒怪獸而使自己也變成怪獸，應該作為‘人’將其戰勝”這一信念。終於，晴男捨棄了打倒“哥斯拉·地球”的唯一機會，將加爾格殺死。另一方面，晴男的青梅竹馬優子也由於比爾沙爾德進行的人體強制奈米金屬化，而陷入腦死狀態。
　　敗北感和虛無感在人類之間擴散。另一方的異星人，宗教種族埃克西弗的大司教·梅特菲斯，將晴男從戰鬥中存活下來之事主張為“奇蹟”，並藉此增加信徒。這是為了達成埃克西弗隱藏起來的“終極目的”。米亞娜和瑪伊娜警戒著這樣的埃克西弗。此外，晴男也自問自己身為“人”應該去做什麼。
　　不久，在沒人能打倒“哥斯拉·地球”的地球上，覆蓋著金色閃光的“基多拉”降臨，震天動地的超次元戰鬥開始了。
　　“哥斯拉”是什麼？“人”應該去做的事情是什麼？晴男眼中的未來又是——。
　　最終章中，一切都將明瞭。 123456