在代歐奇希斯變成防禦型態與裂空坐持續激戰的同時，拉魯斯市廣播系統昭告大家緊急避難。市民們聽到廣播後便驚慌疏散。代歐此時又變成攻擊型態，並對裂空坐釋出攻擊。廣播持續呼籲民眾這並非演習，而小超則在逃竄中的人群當中，大惑不解為何代歐還活著。當小超在避難時遇見一隻難過的正電拍拍。小超一看到神奇寶貝頓時嚇壞了，但聽到它的求救聲便鎮靜下來。原來它的同伴負電拍拍被陷進垃圾桶裡無法掙脫，小超決定幫忙。當他開啟垃圾桶蓋時，忽然負電拍拍迫不及待地衝出來！小超又嚇壞了，不由自主地想要逃離現場，這時忽然小卡比獸也從垃圾桶冒出來！可憐的小超就這麼昏過去了。之後小智趕來發現不省人事的小超，便用盡方法想把小超叫醒。小超甦醒後卻不高興地嫌小智多管閒事。此時小遙、小剛、正太、阿隆、一位女性和兩位雙胞胎女生也趕到，而小智正催促小超趕快逃難。但小超還來不及動作，忽然一束死光射到他們附近的地面，把大家嚇得魂飛魄散！大家驚魂甫定時，小超告知有個地方可以躲難，一行人便跟了過去。
　　小超帶大家來到他之前去的玻璃溫室植物園。當小超對植物園的入口讀卡機刷卡時，發現讀卡機故障，門打不開了。正太自告奮勇地用雙手奮力把門扳開。當大家為正太喝采時，阿隆盯著小智看，輕蔑地說小智怎麼還待在拉魯斯市裡，以為他慘敗後早該羞愧地回老家了。小智生氣地說要再跟他比一場，小遙只得勸架說現在不是時機，但這時一旁的兩位雙胞胎女生加油添醋地說她們的哥哥絕不會輸給小智。小智質問她們是誰，而那位女性解釋那兩位小女生是正太的妹妹們，オオドリ和キャサリン。女性則自我介紹是ヒトミ。接下來我們都知道小剛會做出什麼反應啦，而小勝也立刻拉走小剛的耳朵。
　　之後阿隆問大家該如何在植物園裡打發時間，而小瞳則拿出筆記型電腦開始查詢那隻DNA神奇寶貝的資料。但出乎她意料之外並沒有任何代歐的資料，正太則催促她繼續嘗試。此時小智詢問一臉哀傷的小超怎麼了，而在其他人的關切下，小超開始訴說他四年前的經歷。小超仰望著還在激戰的兩隻神奇寶貝，在大家的全神貫注下，說代歐是從宇宙來的。四年前一顆隕石擊中地表，而從隕石中，迸出那隻被倫多博士命名為“代歐奇希斯”的神奇寶貝。由於它侵犯了裂空坐的大氣層領域，於是大激戰開始。裂空坐的破壞死光之後準準地轟碎代歐奇希斯，成為零星碎片。阿隆對小超的故事懷疑並嗤之以鼻，而正太也叫小超別把他們當小孩騙，並反問為何代歐現在還活著？小超只能回答他不知道。
　　此時在溫室植物園上空，代歐開始複製自己的“影子代歐”分身。分身群一看到四處躲藏的驚慌市民，居然就開始衝下來，擄走市民到不知名的地方去了！
　　在植物園中小智他們仍藉著小瞳的電腦收聽廣播。記者播報現在拉魯斯市被?\\罩在代歐所形成的透明罩裡無法對外通行，並且影子代歐們群仍不停地擄走人們。小瞳關掉電腦，正太則擔心被困在這裡。在窗外的影子代歐群不時地逼近，把大鳥和凱薩琳嚇哭了。忽然一隻分身衝破玻璃屋頂進來，小超看到趕緊叫大家趕快跑，但影子代歐卻已經衝下來了！正太叫出水箭龜用高壓幫浦，卻對影子代歐無效。就在正太納 悶為何無效的時候，從背後另一隻影子代歐偷襲正太和水箭龜，從屋頂破洞把他們擄走了！阿隆生氣地叫出火焰雞使出火焰飛踢，小智叫皮卡丘用十萬伏特，小瞳叫出巨金怪用彗星拳，雙胞胎叫出溜溜糖球和雨翅蛾用泡沫光線。這些神奇寶貝在對付影子代歐群時，小智叫大家趕快逃走，阿隆則問小超是否知道緊急出口在哪。突然小剛發現他的寶貝球無法打開了，其他人也驚覺他們的也不行。
　　影子代歐又殺出重圍逼近小超，害他只好繼續逃躲。阿隆叫火焰雞攻擊影子代歐，並叫大家別管他而先行逃離。阿隆請小遙照顧好他的兩個妹妹，但小遙不想丟下阿隆不管。此時小剛正著急地想叫醒小卡比獸，而火焰雞持續使出上勾拳拖延時間，讓小遙她們有時間跑到出口。小遙叫正在戰鬥的小智他們趕快跑過來，但小智他們還是吩咐小遙她們先行離開。忽然，小卡比獸打了大大的呵欠，同時嘴裡冒出白光照射整個溫室，居然把所有影子代歐給光分解了！小智他們便趁機跑向出口離開。
　　此時在倫多博士的研究實驗室裡，倫多博士不省人事地躺平。助手春野手持電擊棒，嘴裡假惺惺地感謝倫多博士的努力帶給他不少的方便，忘我地盯著水晶球體，幻想自己能如何地從中獲得暴利和權勢並掀起神奇寶貝界的大革命。這時忽然有人敲門把春野嚇了一跳。原來外面是小超和一行人，小超則對一行人解釋實驗室是建造在植物園的底下。春野這時開門讓大家進去，但實驗室裡都不見倫多博士的人影。小超問春野父親的下落，春野騙說倫多博士已經出門找他了。小超擔心外面那麼危險爸爸會不會有事，春野則叫小超不要窮擔心。小智打算出去尋找博士，但阿隆則叫小智不要貿然行動造成大家的擔心。一群人便待在一起等倫多博士回來。
　　已經晚上了，卻仍不見倫多博士的蹤影。大鳥和凱薩琳一直喊累喊餓，阿隆只好哄她們安靜再等一下。此時小卡比獸手拿著三明治走向大鳥和凱薩琳，那對雙胞胎以為這隻好心的神奇寶貝帶給她們食物，卻看到小卡比獸當面把三明治吞掉了！兩個女生頓時大哭，小智則決定要出外找食物。阿隆仍是提醒小智外面的危險，但這次小智毅然地跑出去，阿隆和其他人只好尾隨。
　　在外頭可看到影子代歐四處飄移，如同在巡邏一般。小智他們放低姿態以免被發現，並一起計畫找尋食物大作戰。當影子代歐暫時離開後大夥便分頭行進，而小智、皮卡丘和小剛找到了一臺熱狗販賣機，但電源切斷了。小智叫皮卡丘使出十萬伏特，那臺電動販賣機便一邊啟動一邊播放音樂，熱狗不停地掉出來，小剛他們就儘可能地抓了一大把。忽然，小剛把小智壓在地上，並叫他不要出聲，原來頭頂上飄著一群影子代歐。小智他們躲在販賣機後面，但機器的音樂卻還在播放！影子代歐聽到音樂後往販賣機逼近，小智他們則嚇得以為死定了。忽然小超和正、負電拍拍從另一頭走出來，完全不知道影子代歐的存在。分身們立刻衝向小超，但正、負電拍拍聯合用了電擊絕招保護小超。這時，一隻影子代歐倏地攫住負電拍拍和小超！小智便奮不顧身地抓住那隻分身並猛咬它的一隻手臂，小超便掙脫成功了。小智問小超是否安然無恙，皮卡丘則持續攻擊其他分身。但為數實在太多了，小智叫大家趕快逃離，但小超仍擔心負電拍拍的安全。小剛呼籲他們自身的安全更重要，於是他們便逃離現場了。他們來到一間開著窗戶的建築物，於是便爬進窗戶躲藏。影子代歐群飛掠過來，幸好沒有發現小智他們的蹤跡。在稍微喘氣後，小超發現正電拍拍為它的同伴難過，便試著撫摸安慰正電拍拍，卻因為幼年創傷的身體排斥反應讓他無法這麼做，只好對正電拍拍道歉。此時皮卡丘在這棟建築裡找到一瓶水，讓大家心情好了起來。
　　之後大家費了一番力氣回到實驗室，並一面吃著熱狗一面稱讚多好吃。此時阿隆指著小瞳的電腦廣播，告訴小智那些被影子代歐擄走的人們都被帶到不知名的地方。小剛對那個特定地方感到奇怪，這時忽然聽到倫多博士的聲音！原來他從櫃子裡昏沈地爬出來，顯然不知道自己被電昏的事情。博士說代歐正在找它的朋友，並問大家春野在哪裡。大家說春野出去了，博士環顧四周發現水晶球體不見了。小超問父親那是什麼，倫多博士則回答，那球體是代歐奇希斯的另一部份身體。之後博士透露原來那球體就是讓代歐再生、複製的關鍵！小勝告知春野帶著球體離開了，阿隆則猜測原來代歐就是為了找回這球體才返回攻擊大家的。
　　忽然，之前在植物園裡的神秘光芒又出現在小超面前和他“談話”。小超向大家介紹這是他在植物園認識的朋友，之後那光芒形成另一隻代歐奇希斯的身影。小超告訴父親或許水晶球體還有生機，便衝出去尋找，後面跟著其他人。
　　此時在拉魯斯市的偏僻處，春野帶著一隻箱子瘋狂地跑。忽然從兩隻神寶的戰鬥中射來一束死光，在附近的地面爆炸讓春野失去重心並摔倒箱子滾出水晶球體。爆炸引發的碎石開始落向春野，而這倫多博士的助手就被掩埋了。在天空中的兩隻神奇寶貝也沒閒著，裂空坐開始用身體緊纏代歐，讓代歐無法動彈。
　　小超後頭跟著其他人，藉由那個光芒的帶領下繼續向前跑。小超現在瞭解為何代歐奇希斯不想要孤獨，並感同身受地決定要成為代歐的朋友。其他人也決定幫助小超停息裂空坐與代歐之爭。此時春野掙脫瓦礫堆，一邊咒罵水晶球體帶來他的麻煩。春野這時困惑地找尋水晶球體的下落，但立刻信誓旦旦地自信一定能很快找到。他拿出遙控器按了鈕，激發不遠處的水晶球體射出強光。在天空中，被裂空坐纏住的代歐往下看到晶體，臉上頓時露出憤怒的表情。回到地上，引導小超的光芒正往水晶球體發出的強光接近，小智則興高采烈地說找到了。阿隆覺得奇怪為何水晶球體會發出強光，大家便蹲下來端詳。此時春野出現說水晶球體是他的，並伸手準備拿的時候，一群影子代歐過來把春野包圍住了。阿隆認為它們也是要來拿水晶球體，此時小智決定，這次要幫助春野…！！ 123456