每逢案件搜查都狀況百出的警視廳搜查一課刑警—–南波陽人在某一天，被搜查一課長五十嵐修給叫了過去。原來此前，南波的母校帝都大學法學系教授曾受託負責《犯罪搜查百年史》的編修。然而上頭卻勒令中止製作，需要南波代為前往道歉。南波邊嚷嚷著“我不是為了做這種事才當的刑警”邊心不甘情不願地提著伴手禮前往帝都大學。沒想到卻在那碰到了意料之外的案件。下任校長候補人選的醫學系教授—–高寺保的屍體在講臺上被發現了！而且高寺的屍體是從講臺天花上被吊下來，帷幕上佈滿了耐人尋味的數字暗號……在這謎團重重的案發現場，出現了一個頗感興趣地自言自語道“這個案件大有內幕”的男人。原來他正是南波此行要拜見之人—–上知天文下知地理的文科天才、別名“知識巨人”的宇野邊叡古。
　　南波所屬的搜查一課立刻展開了搜查。卻不料在案發現場發現了睿古常用的菸斗裡的菸草！看來兇手是打算嫁禍於叡古……到底兇手的動機是什麼，而又為什麼要把叡古捲入案件當中呢？！試圖解開案件隱情的睿古與助手阿蘇藤太共同開始解讀暗號。另一方面，搜查一課把副校長—–戶村麻美及與被害者爭奪下任校長之位的幾個相關者視為嫌犯，但搜查依然難有進展。
　　為了儘早解決案件，五十嵐任命叡古為調查顧問。被搜查一課組長—–川添德治吩咐盯著點的南波，處處跟叡古一同行動。這期間，帝都大學內發生了第二起教授遇害的案件！而且案發現場再次留下了不明所以的暗號…… 123456